Sólo 18 espacios acuíferos, de 127 que hay en el Estado de México, tienen una excelente calidad de agua, de acuerdo con el monitoreo de la Comisión Nacional del Agua (Conagua).
En el Estado de México se encuentran los ríos Pánuco, Balsas y Lerma,  principales cuencas hidrográficas del país y principales cuencas que presentan la mayor  problemática ambiental en contaminación de aguas.
Según Conagua, 78 espacios acuíferos del estado se encuentran en semáforo rojo, lo que significa que tienen alta carga de contaminación.  Estos espacios, en su mayoría, son aquellos que se encuentran conectados al Río Lerma, el cual se vio afectado tras la construcción de la zona industrial en esa localidad.
Mientras que en el río Lerma, fueron instaladas al menos 500 fábricas, las cuales, si bien son actualmente una fuente de ingresos para los habitantes de la zona, también son la mayor problemática que tiene el lugar debido a los desechos residuales.
En consecuencia, las cuencas de Xonacatlán, Toluca, Temoaya, Almoloya, Ixtlahuaca y Atlacomulco, desembocaduras del río Lerma,