Un promedio de cinco amparos formales se han interpuesto ante los tribunales e instancias agrarias respectivas al afectarse tierras comunales, ejidales e indígenas con la obra del Tren Interurbano México-Toluca, en sus 58 kilómetros de longitud, en Ocoyoacac, San Lorenzo Acopilco, el Ocotal y Vasco de Quiroga, en Cuajimpalpa.
Incumplimiento en pagos por afectaciones, así como compromisos contraídos por las empresas constructoras incumplidos, han sido la causa de éstos, que actualmente se encuentran sobreseídos, ya que los acuerdos permitieron, además de entregar los cheques respectivos a los beneficiarios, como salvaguardar la tala inmoderada pretendida de miles de árboles en algunos tramos modificándose trazos y garantizando la realización de proyectos de conservación de áreas naturales, registra la Procuraduría Agraria.
De los 36 kilómetros con jurisdicción del Estado de México se tienen dos amparos interpuestos: por comuneros de San Pedro Coapanaya, Ocoyoacac, firmado por el comisariado ejidal, Pascual de la Rosa Gumersindo, en favor de 167 propietarios de predios ubicados entre los kilómetros 43 y 45, con número de amparo 690/2017-IV donde el juez autorizó la suspensión de la construcción del tren; sin embargo, la obra siguió, mientras los comuneros recibieron sus pagos.
En el caso de los ejidatarios que se manifestaron en octubre de 2016,  también de Ocoyoacac, quienes exigieron al INAH su intervención por supuesta afectación de la zona arqueológica de la comunidad que tiene cercanía con la obra del tren, no hubo solicitud de amparo, y el Instituto Nacional de Antropología e Historia dictaminó improcedente la queja ya que no se afecta dicho vestigio arqueológico.
En mayo de 2016 ejidatarios de esa zona de Ocoyoacac, encabezados por Juan Gabriel Salazar Zúñiga y otros, demandaron indemnización por el trazo mediante el amparo 594/2016-VII, quienes pedían suspensión de la obra: sin embargo resultó improcedente por no afectar.
En el amparo 1589 solicitado por indígenas otomíes y nahuas, ante el juzgado federal para conocer la afectación de las tierras en San Lorenzo Acopilco, la autoridad agraria exigió a la empresa respetar tierras, bosques, aguas, límites y posesiones, además de crear un proyecto ecoturístico para manejo ambiental de la zona, por lo que hubo desistimiento de este recurso.
En el tramo del Ocotal no se solicitó amparo; sin embargo, la población se movilizó ante el temor de afectaciones en áreas naturales, donde se talarían más de tres mil 300 árboles, y ahí mediante acuerdos y foros entre ciudadanía, empresarios, y autoridades, se convino modificar el trazo.